Las principales líneas de investigación del CEDE son:
- Macroeconomía
- Microeconomía
- Estudios sobre Desarrollo Económico
- Historia económica, historia del pensamiento económico y teoría económica
El CEDE ha desarrollado estudios en las áreas de competitividad, crecimiento y desarrollo económico, medio ambiente, demografía, economía agrícola, economía ambiental, economía de la educación, economía de la salud, economía política e institucional, evaluación económica social de proyectos, historia económica, macroeconomía y sector financiero, historia monetaria y financiera, economía del comportamiento y experimental, organización industrial y regulación, política fiscal, violencia, seguridad y conflicto.
Entre las instituciones nacionales e internacionales que financian la investigación en el CEDE se encuentran el Banco de la República, Ministerios (Hacienda, Educación y Salud), Departamento Nacional de Planeación, Alcaldía de Bogotá y Colciencias. Internacionalmente destacamos financiadores como Environment for Development (EfD), Open Society Foundation, Hilton Foundation, la Fundación Ford, la Universidad de Chicago, International Development Research Center (IDRC) Economic & Social Research Council (ESRC) de Inglaterra, el National Bureau of Economic Research (NBER) de E.U., el Instituto Internacional para la Investigación sobre Política Alimentaria (IFPRI), el Fondo Internacional de Desarrollo Agrícola (FIDA), el BID y el Banco Mundial.